San Pedro Mártir es una de las regiones de Baja California de más importancia ecológica. Este parque ocupa la porción más elevada de la sierra de San Pedro Mártir y contribuye a la regulación del clima y la provisión de agua de la región central de Baja California y algunos de la valles mas importantes de la región (CONAMP-SEMARNAT 2006), por lo que además se le añade un valor económico indirecto. También se encuentran representados en el, algunos de los ecosistemas que son característicos del estado como son el chaparral, el bosque de pino piñonero y el bosque mixto de coníferas, entre los cuales se encuentran plantas protegidas o con protección especial así como especies animales protegidas, endémicas y de protección especial. Otra característica que añade importancia es que es considerada una de las mejores zonas para lo observación astronómica por las condiciones meteorológicas.
Para la protección de un parque nacional es importante tomar en cuanta el o los ecosistemas que lo estén formando en conjunto, esto para administrar de manera adecuada los recursos que ahí se encuentran, conociendo las interacciones que se da entre materia, energía y vida. En el caso de San Pedro Mártir hay varios ecosistemas que se encuentran dentro del parque por lo que es imperativo estudiar los efectos que una actividad pueda tener sobre estos al realizar alguna dentro de la zona del parque, así como también las consecuencias que estas traigan para la zona de influencia.
Es importante destacar que uno de los principales objetivos de los parques nacionales es la conservación, sin embargo existen otros como la investigación científica y el turismo. Aunque las actividades productivas pueden afectar directa o indirectamente el área protegida por uso indiscriminado o mal uso de los recursos disponibles en el área de influencia, donde actividades como la ganadería puede causar estragos como introducción de especies exóticas y pérdida de cobertura vegetal.
Fiablemente otro punto a considerar dentro de la administración de un parque nacional es la educación ambiental. Es necesario concienciar a las personas para que hagan buen uso de los recursos naturales, sin la educación el nivel de riesgo seria mas alto ya que los pobladores no sabrían el daño que le hacen al sistema y podrían llegar a agotar o destruir los recursos que este les pueda dar.
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